真菌感染通常源于体内自然存在的微生物的简单不平衡。

事实上，它被大量不同的真菌和细菌定植，大多数时候是无害的，甚至对身体的正常运作至关重要。

然而，这些真菌中的一些可能会增殖并变得致病，或者“外部”真菌（例如由动物传播）引起感染。 总共有 200-400 种真菌可以导致人类​​疾病⁵.

然而，环境中存在的真菌也会污染人类，例如：

• 通过接种，例如在受伤期间（导致孢子丝菌病或染色体病等）；
• 通过吸入霉菌（组织胞浆菌病、曲霉病等）；
• 接触感染者（念珠菌病、癣等）；
• 通过接触受感染的动物。